卯澳的石頭厝是「就地取材」的最佳典範，石材是來自海岸的砂岩，屋架取自後山的竹材，屋頂在過去多以野生茅草鋪成。早期村民興建石頭厝時都是由左鄰右舍的親朋好友互相幫忙來完成，唯一的花費就是打石師傅的工資了，通常我們可由石材加工的精緻以及石砌的形式來看出屋主的經濟能力。

卯澳的石頭厝大致可分成三種不同的格局與砌法，第一種型式為一條龍、亂石砌的格局，這是最普遍也最經濟的方式，特點是屋脊成一直線，有兩個門，牆面以大小相近的自然卵石或粗略打鑿過的石塊組砌而成，頗具粗獷之美。第二種型式是單伸手、水平砌的方式，先將石頭打鑿成高度相當的石條，再一層層水平疊砌而成，牆面簡潔有序。第三種三合院式的人字砌法建築型式，不論技巧、強度、費用都較高，牆面以加工過、大小等長的石塊斜倚約45度疊砌而成，灰縫曲折交織如「人」字，頗具特色。